Nascido a 12 de Fevereiro de 1809 em Shrewsbury, Inglaterra, numa família abastada, foi pressionado pelo pai, Robert Darwin, médico, a enveredar pela mesma carreira, embora tendesse mais a seguir o exemplo do avô, Erasmus Darwin, um conceituado naturalista no seu tempo.
Dava pouca atenção às aulas, era traquinas e preferia observar a Natureza, caçar e coleccionar insectos. É dessa altura uma frase do pai que ele recorda na sua autobiografia: "Só gostas de cães, de andar aos tiros e de apanhar ratos, vais ser uma desgraça para ti próprio e para toda a tua família".
Em 1825 começa a estudar Medicina em Edimburgo, mas as aulas aborrecem-no e uma operação a uma criança sem anestesia, como então era comum, causa-lhe horror e leva-o a desistir passados dois anos.
O pai manda-o então estudar Teologia na Universidade de Cambridge, para fazer dele um sacerdote. É então que conhece John S. Henslow, um dos professores mais populares e revolucionários da época, que se tornou seu mentor e amigo, e foi determinante para a sua carreira de cientista.
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